Μεγιστοποίηση της απόδοσης της συναινετικής βαθμολόγησης
κατά την σύνδεση πρωτεΐνης-προσδέτη

Γιάγκας, Φώτιος; Giagkas, Fotios

dc.contributor.author	Γιάγκας, Φώτιος	el
dc.contributor.author	Giagkas, Fotios	en
dc.date.accessioned	2016-02-17T14:03:27Z
dc.date.available	2016-02-17T14:03:27Z
dc.date.issued	2016-02-17
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/42029
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.12150
dc.rights	Default License
dc.subject	Υπολογισμός μοριακής πρόσδεσης	el
dc.subject	Συναινετική βαθμολόγηση	el
dc.subject	Σχεδιασμός φαρμάκων	el
dc.subject	Αναβαθμολόγηση	el
dc.subject	Υποδοχείς	el
dc.title	Μεγιστοποίηση της απόδοσης της συναινετικής βαθμολόγησης κατά την σύνδεση πρωτεΐνης-προσδέτη	el
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Ιατρική χημεία	el
heal.language	el
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2015-07-03
heal.abstract	Οι υπολογισμοί μοριακής σύνδεσης πρωτεΐνης-προσδέτη χρησιμοποιούνται ευρέως στην ιατρική χημεία για την ανακάλυψη ή την βελτιστοποίηση νέων υποψήφιων φαρμάκων. Αυτοί οι υπολογισμοί χρησιμοποιούν διάφορους τύπους συναρτήσεων βαθμολόγησης (ΣΒ), όπως είναι οι βασισμένες στη μοριακή μηχανική ,οι εμπειρικές , οι βασισμένες στη γνώση ή υβρίδια τους. Εντούτοις, οι επιδόσεις τους ποικίλλουν ανάλογα με το στόχο που μελετάται. Έχοντας ένα σύνολο προσδετών με πειραματικές σταθερές πρόσδεσης μπορεί κανείς να προσαρμόσει ή να επιλέξει διαφορετικές ΣΒ οι οποίες έχουν καλές επιδόσεις στο στόχο του ενδιαφέροντος. Η μέθοδος που χρησιμοποιήθηκε βασίζεται σε έναν γενετικό αλγόριθμο ο οποίος προτείνει αποδοτικούς συνδυασμούς ΣΒ (Συναινετική Βαθμολόγηση) έχοντας να επιλέξει μέσα από συνολικά 46 ΣΒ. Η αποτελεσματικότητα της προτεινόμενης μεθόδου παρουσιάζεται μέσα από την εφαρμογή της σε 8 διαφορετικούς στόχους. Οι στόχοι αυτοί είναι η ΑΚΤ κινάση (ΑΚΤ1), η β’-λακταμάση (AMPC), το κυτοχρώμα P450 3A4 (CP3A4),ο υποδοχέας χημειοκινών CXC τύπου 4 (CXCR4), ο υποδοχέας γλυκοκορτικοειδών (GCR) , η HIV-1 αντίστροφη μεταγραφάση (HIVRT), η κινεσίνη 1(KIF11) και η πρωτεάση του HIV, HIV-1 (HIVPR). Επίσης αξιολογείται η απόδοση των άκαμπτων και εύκαμπτων προσεγγίσεων σύνδεσης, στο πλαίσιο συναινετικής βαθμολόγησης, χρησιμοποιώντας δύο δημοφιλή προγράμματα υπολογισμού μοριακής πρόσδεσης, τα Vina και Glide, καθώς και αναβαθμολογώντας τα αποτελέσματα των προγραμμάτων αυτών με 45 επιπλέον ΣΒ. Ο αλγόριθμος συναινετικής βαθμολόγησης που αναπτύχθηκε είναι συμβατός με οποιοδήποτε λογισμικό υπολογισμού μοριακής σύνδεσης (FlexX, eHiTS, Surflex, GOLD,DOCK, κ.α.).	el
heal.advisorName	Σαρίμβεης, Χαράλαμπος	el
heal.committeeMemberName	Σαρίμβεης, Χαράλαμπος	el
heal.committeeMemberName	Κολίσης, Φραγκίσκος	el
heal.committeeMemberName	Κυρανούδης, Χρήστος	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Χημικών Μηχανικών. Τομέας Ανάλυσης, Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Διεργασιών και Συστημάτων (ΙΙ)	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	71 σ.
heal.fullTextAvailability	true