Μελέτη και βιοπληροφορική ανάλυση των διαφορετικών τύπων του ιού των Ανθρωπίνων Θηλωμάτων (HPV)

Ατζάμπου, Μαρία; Atzampou, Maria

dc.contributor.author	Ατζάμπου, Μαρία	el
dc.contributor.author	Atzampou, Maria	en
dc.date.accessioned	2016-06-24T09:09:29Z
dc.date.available	2016-06-24T09:09:29Z
dc.date.issued	2016-06-24
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/42832
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.10462
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/	*
dc.subject	Θηλωμάτα	el
dc.subject	Καρκίνος τραχήλου μήτρας	el
dc.subject	HPV λοίμωξη	el
dc.subject	Τύποι HPV	el
dc.subject	Φυλογενετικά δέντρα	el
dc.subject	Human Papillomavirus	en
dc.subject	Cervical cancer	en
dc.subject	HPV infection	en
dc.subject	Different HPV types	en
dc.subject	HPV variants	en
dc.title	Μελέτη και βιοπληροφορική ανάλυση των διαφορετικών τύπων του ιού των Ανθρωπίνων Θηλωμάτων (HPV)	el
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Βιοϊατρική Τεχνολογία	el
heal.language	el
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2016-01-25
heal.abstract	Η παρούσα εργασία ασχολείται με τη μελέτη και τη βιοπληροφορική ανάλυση των διαφορετικών τύπων του ιού των Ανθρωπίνων Θηλωμάτων, ή όπως είναι ευρέως γνωστός, με τον ιό HPV, με σκοπό τη βελτίωση των τρόπων πρόληψης της HPV λοίμωξης, των μέσων διάγνωσης αυτής καθώς και των μεθόδων θεραπείας, ώστε να μειωθούν τα κρούσματα του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας, για τα οποία ευθύνεται. Ο καρκίνος του τραχήλου της μήτρας είναι η τρίτη πιο συχνή μορφή καρκίνου που παρατηρείται στις γυναίκες, με εκτιμώμενους 265.653 θανάτους κάθε χρόνο παγκοσμίως και με 527.624 εκτιμώμενα νέα κρούσματα ετησίως. Το 75% αυτών οφείλεται στην προσβολή από τον τύπο HPV 16 του ιού και το 15% από τον τύπο HPV 18, δύο από τους υψηλού κινδύνου τύπους του ιού. Το γεγονός αυτό, καθιστά αναγκαία την ταυτοποίηση και την ανάλυση των γονιδιωμάτων του ιού αυτού καθώς, μόνο μελετώντας μια σειρά από πολλά γονίδια μπορούμε να ανιχνεύσουμε τις ιδιαιτερότητες που έχει ένας ιός από έναν άλλον παρόμοιο με αυτόν, ώστε να είμαστε σε θέση να ανταποκριθούμε στις απαιτήσεις που έχει καθένας ή και κάποιοι από αυτούς. Στο πρώτο κεφάλαιο, μελετήθηκε ο τράχηλος της μήτρας στον οποίο εμφανίζεται και αναπτύσσεται η νόσος. Στο δεύτερο κεφάλαιο, αναπτύχθηκαν βασικές βιολογικές έννοιες, ορίστηκε η έννοια του καρκίνου και συνδέθηκε ο ιός των κονδυλωμάτων με την HPV λοίμωξη και τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Επιπλέον, εξετάστηκε λεπτομερώς η δομή και η μορφολογία του ιού, ο κύκλος ζωής και δράσης του, όπως επίσης, παρουσιάστηκαν και κάποιοι τρόποι διάγνωσης και θεραπείας αυτού. Στο τρίτο κεφάλαιο, παρουσιάστηκε το BLAST, ένα βιοπληροφορικό εργαλείο που χρησιμοποιεί στατιστικές μεθόδους για να συγκρίνει ακολουθίες DNA και με τη βοήθεια του οποίου, μελετήθηκαν και αναλύθηκαν οι διαφορετικοί τύποι υψηλού κινδύνου του ιού HPV. Με τη χρήση φυλογενετικών δέντρων παρουσιάστηκαν ταξινομικά και επιδημιολογικά στοιχεία του. Από τη μελέτη αυτή συμπεράναμε πως οι τύποι του ιού είναι τόσο όμοιοι μεταξύ τους και, παράλληλα, και τόσο διαφορετικοί. Ανάλογα με τα ποσοστά ομοιότητας των γονιδιωμάτων τους, ομαδοποιήθηκαν σε δύο ομάδες και μελετήθηκαν ξεχωριστά, όπως επίσης, συγκρίθηκαν και παραλλαγές του ίδιου τύπου του ιού. Επιπρόσθετα, είδαμε την κοινή καταγωγή τους και την εξέλιξη τους στο πέρασμα των χρόνων. Κατέστη η ανάγκη ύπαρξης ενός ενιαίου συστήματος ονοματολογίας ώστε να μπορούν οι διάφορες μελέτες να αλληλοσυμπληρώνονται και να παράγεται ένα πιο ολοκληρωμένο επιστημονικό αποτέλεσμα. Τέλος, με γνώμονα πως η πρόληψη είναι η καλύτερη θεραπεία, επιβεβαιώθηκε η σπουδαιότητα της γονιδιακής ανάλυσης, αφού προληπτικά εμβόλια με πιο ευρύ ή πιο εξειδικευμένο φάσμα απαιτούνται αλλά και νέες εφευρετικότερες μέθοδοι διάγνωσης. Όσον αφορά στη θεραπεία, η συμβολή της γονιδιακής θεραπείας κατέστη σαφής.	el
heal.abstract	The present paper deals with the study and the bioinformatic analysis of the different types of the Human Papillomavirus or, as it is widely known, with the HPV, with the aim of improving the ways of preventing the HPV infection, the diagnostic tools and the treatment methods, so as to reduce the incidence of cervical carcer, for which it is responsible for. Cervical cancer is the third most frequent cancer among women and current estimates indicate that every year 527,624 women are diagnosed with cervical cancer and 265,653 die from the disease. 75% of these due to infection by the HPV16 type and 15% by the HPV18 type, two of the high-risk types of the virus. This requires the identification and the analysis of the virus’ genome, due to the fact that, only by studying a long series of genes we can detect the features from which a virus is different from a similar one, in order to be able to respond to the demands which each or some of them may have. In the first chapter, the cervix was studied in which the disease appears and develops. In the second chapter, basic biological definitions were given, the concept of carcer was explained and the HPV was connected to the HPV infection and to the cervical cancer. In addition, the structure and the morphology of the virus, the virus’ life cycle and action and some prevention and therapy methods were examined. In the third chapter, BLAST was presented, a bioinformatics tool which uses statistical methods to compare DNA sequences and with its assistance, I studied and analysed the different high-risk HPV types. Using phylogenetic trees, taxonomic and epidemiological data of the virus were presented. From this study came across that the types of the virus are so similar between them, and at the same time, so different. According to the genome percentage similarity, the types were divided into to groups and were studied separately, as well as different variants of the same HPV type were compared. In addition, we have seen the common origin and their evolution over time. The need of a nomenclature system has become clear, in order various studies around the world to fill each other and a more comprehensive scientific result can be produced. Finally, on the basis that prevention is the best treatment, the importance of gene analysis was confirmed since preventive vaccines with more general or more specific range and more efficient diagnostic methods are required. As far as treatment is concerned, the importance of the gene therapy contribution was noted.	en
heal.advisorName	Κουτσούρης, Δημήτριος – Διονύσιος	el
heal.committeeMemberName	Κουτσούρης, Δημήτριος – Διονύσιος	el
heal.committeeMemberName	Νικήτα, Κων/να	el
heal.committeeMemberName	Ματσόπουλος, Γεώργιος	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών. Τομέας Επικοινωνιών, Ηλεκτρονικής και Συστημάτων Πληροφορικής	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	88 σ.	el
heal.fullTextAvailability	true