Υπολογιστική ανάλυση βιολογικών δικτύων για επαναστόχευση φαρμάκων στη Μη-αλκοολική λιπώδη νόσο του ήπατος

Χαλά, Ναυσικά; Chala, Nafsika

dc.contributor.author	Χαλά, Ναυσικά	el
dc.contributor.author	Chala, Nafsika	en
dc.date.accessioned	2018-01-11T11:51:50Z
dc.date.available	2018-01-11T11:51:50Z
dc.date.issued	2018-01-11
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/46194
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.14842
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/	*
dc.subject	Βιολογικά δίκτυα	el
dc.subject	Επαναστόχευση φαρμάκων	el
dc.subject	Μη-Αλκοολική λιπώδης νόσος του ήπατος	el
dc.subject	R Bioconductor	en
dc.subject	Pathway analysis	en
dc.subject	Connectivity map	en
dc.subject	Ανάλυση μονοπατιών	el
dc.subject	In vitro πειράματα	el
dc.subject	Drug repositioning	en
dc.subject	Non-alcoholic fatty liver disease	en
dc.title	Υπολογιστική ανάλυση βιολογικών δικτύων για επαναστόχευση φαρμάκων στη Μη-αλκοολική λιπώδη νόσο του ήπατος	el
dc.title	Network based drug repositioning for non-alcoholic fatty liver disease	en
heal.type	bachelorThesis	el
heal.classification	Βιοπληροφορική	el
heal.classificationURI	http://data.seab.gr/concepts/b50bf44af3b24e597323aa84bd26e06a0650789e
heal.language	el	el
heal.access	free	el
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2017-10-24
heal.abstract	Τα τελευταία χρόνια αναπτύσσονται υπολογιστικά μοντέλα τα οποία περιγράφουν διάφορες βιολογικές διεργασίες. Με αυτά τα μοντέλα ασχολείται ο κλάδος της συστημικής βιολογίας και δίνει νέες λύσεις στην διάγνωση, πρόγνωση και θεραπεία ασθενειών. Πεδίο εφαρμογής αποτελεί η μελέτη των μηχανισμών δράσης των φαρμάκων και ο πιθανός επαναπροσδιορισμός της χρήσης τους σε νέες ασθένειες (drug repositioning). Στην παρούσα εργασία γίνεται επαναστόχευση υπαρχόντων φαρμάκων για την αντιμετώπιση της μη αλκοολικής λιπώδης νόσου του ήπατος (Non-Alcoholic Fatty Liver Disease; NAFLD), η οποία είναι η πιο συχνή παθολογική κατάσταση του ήπατος, με συχνότητα εμφάνισης στο γενικό πληθυσμό έως 30% στις ανεπτυγμένες χώρες. Πολλές φαρμακολογικές ουσίες έχουν δοκιμαστεί για τη διαχείριση της νόσου, αλλά καμία θεραπεία δεν έχει εγκριθεί από τον US Food and Drug Administration (FDA) συγκεκριμένα για την αντιμετώπιση της νόσου. Στην εργασία αυτή αναπτύσσονται μοντέλα ανάλυσης των βιολογικών διεργασιών που σχετίζονται με τη νόσο NAFLD. Αρχικά προσδιορίστηκαν οι μηχανισμοί της νόσου μέσω ανάλυσης δικτύων από γονιδιακά δεδομένα δειγμάτων βιοψίας ασθενών με NAFLD. Έπειτα, με τη βοήθεια του βιοπληροφορικού εργαλείου Connectivity Map ελέγχονται οι εμπορικά διαθέσιμες βιοδραστικές ουσίες και επιλέγονται αυτές οι οποίες επηρεάζουν τα ίδια μονοπάτια με τη νόσο. Τέλος, η αποτελεσματικότητα ορισμένων ουσιών δοκιμάζεται σε πειραματικά μοντέλα της νόσου in vitro.	el
heal.abstract	There is an increased development of computational models over the last years in order to describe various biological processes. Systems biology uses these models as powerful tools in diagnosis, prognosis and treatment of diseases. These methods are also employed for the study of pharmacological agents mechanisms and drug repositioning. The aim of this project is to develop a new platform for drug repositioning in Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD), which is the most common liver disease with a prevalence of more than 30% in developed countries. Many pharmacological agents have been tested for the management of the disease, but none is approved from the USA Food and Drug Administration (FDA) so far. In this study, models for the analysis of biological networks related with NAFLD are developed. NAFLD mechanisms were identified through pathway analysis from gene expression data sets of biopsy proven patients. Next, the commercially available pharmacological compounds are screened through the bioinformatics tool Connectivity Map in order to choose those that affect the same pathways as the disease. Finally, the efficacy of these compounds is being tested on in vitro models of the disease.	en
heal.advisorName	Αλεξόπουλος, Λεωνίδας	el
heal.committeeMemberName	Σπιτάς, Βασίλειος	el
heal.committeeMemberName	Προβατίδης, Χριστόφορος	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών. Τομέας Μηχανολογικών Κατασκευών και Αυτομάτου Ελέγχου.Εργαστήριο Εμβιομηχανικής και Συστημικής Βιολογίας	el
heal.academicPublisherID	ntua	el
heal.numberOfPages	111 σ.	el
heal.fullTextAvailability	true