Τρισδιάστατη παλινδρόμηση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης με τη χρήση γραμμικών και μη-γραμμικών συναρτήσεων

Piro, Florida

dc.contributor.author	Piro, Florida	en
dc.date.accessioned	2018-06-22T10:43:38Z
dc.date.available	2018-06-22T10:43:38Z
dc.date.issued	2018-06-22
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/47115
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.15242
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/	*
dc.subject	Matlab	en
dc.subject	Γονίδια	el
dc.subject	Αντίσταση γλυκορτικοειδών	el
dc.subject	Τρισδιάστατη δομή	el
dc.subject	Ανάλυση παλινδρόμησης	el
dc.subject	Genes	en
dc.subject	Glucorticoid resistence	en
dc.subject	Regression analysis	el
dc.subject	Three-dimensional structure	en
dc.title	Τρισδιάστατη παλινδρόμηση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης με τη χρήση γραμμικών και μη-γραμμικών συναρτήσεων	el
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Biomedical research	en
heal.classificationURI	http://lod.nal.usda.gov/17342
heal.language	el
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2018-05-24
heal.abstract	Η τεχνολογία των μικροσυστοιχιών DNA βρίσκει ευρεία χρήση στην ανάλυση της συγκριτικής μελέτης μεγάλου αριθμού γονιδίων, συμβάλλοντας με τον τρόπο αυτό σε μία σφαιρικότερη θεώρηση των βιολογικών συστημάτων. Η προσέγγιση αυτή διευρύνει τους ορίζοντες της μοριακής έρευνας, προσφέροντας πολύτιμες πληροφορίες για τους μοριακούς μηχανισμούς που οδηγούν στην ανάπτυξη, διάγνωση και πρόγνωση ασθενειών. Ειδικότερα στη διερεύνηση της λευχαιμίας, η χρήση των μικροσυστοιχιών DNA θα μπορούσε να διευκολύνει την επίτευξη τόσο ερευνητικών, όσο και κλινικών στόχων. Στην παρούσα εργασία χρησιμοποιήσαμε δεδομένα από προηγούμενα πειράματα, που αφορούσαν στον προσδιορισμό των πρώιμων αποτελεσμάτων της γονιδιακής έκφρασης της πρεδνιζολόνης στην κυτταρική σειρά CCRF-CEM. Απώτερος σκοπός ήταν η αναγνώριση των υποψηφίων γονιδίων για μελλοντικούς μοριακούς στόχους φαρμάκων σε συνδυασμένη θεραπεία με γλυκοκορτικοειδή, κατά μήκος με πρώιμους δείκτες για αντίσταση σε γλυκοκορτικοειδή. Σαν επόμενο στάδιο, δημιουργήσαμε μια τρισδιάστατη δομή, αποτελούμενη από γονίδια, δείγματα και χρωμοσώματα, διαχωρίζοντας τα γονίδια ανά χρωμοσωμικό ζεύγος. Έπειτα πραγματοποιήσαμε τρεις πιθανές τομές του κύβου: (α) κατά τον άξονα των χρωμοσωμάτων, (β) κατά τον άξονα των γονιδίων και (γ) κατά τον άξονα των δειγμάτων. Στη συνέχεια εφαρμόσαμε την μέθοδο της απλής γραμμικής παλινδρόμησης στον καθένα από τους τρεις άξονες του τρισδιάστατου κύβου. Η μελέτη αφορούσε την ανάλυση των διαγραμμάτων διασποράς και την αναζήτηση μαθηματικών τύπων για την περιγραφή της σχέσης μεταξύ των δύο μεταβλητών που εξετάζονται κάθε φορά, έτσι ώστε να απομονώσουμε τις ομάδες γονιδίων που παρουσιάζουν κοινό προφίλ έκφρασης. Όλα τα παραπάνω υλοποιήθηκαν με χρήση της γλώσσας προγραμματισμού ΜATLAB®. Στο τρίτο μέρος της εργασίας διαχωρίσαμε τα διαγράμματα διασποράς των παλινδρομήσεων με βάση τις τομές που πραγματοποιήθηκαν στον τρισδιάστατο κύβο. Όπως παρατηρήσαμε πολλά ήταν τα ζεύγη μεταβλητών που μελετήσαμε και είχαν μεγάλο βαθμό συσχέτισης μεταξύ τους.	el
heal.abstract	DNA microarray analysis finds widespread use in the analysis of the comparative study of a large number of genes, thus contributing to a more holistic view of biological systems. This approach expands the horizons of molecular research, providing valuable information on the molecular mechanisms that lead to the elaboration, diagnosis and prognosis of diseases. In particular, in the investigation of leukemia, the use of DNA microarrays could facilitate the achievement of both research and clinical purpose. This senior thesis was based on data obtained previously, concerning the resistance or sensitivity of leukemia cells (ALL) to glucocorticoids. More specifically, the experimental purpose was to determine the early effects of prednisolone gene expression in the CCRF-CEM cell line. The ultimate intention was to identify candidate genes for future molecular drugs targets in combination with glucocorticoid therapy, along with early rates of glucocorticoid resistance. As a next step, we created a three-dimensional structure, consisting of genes, samples and chromosomes, separating the genes by chromosomal pairing. We accomplished three possible sections of the cube: (a) along the axis of chromosome, (b) along the axis of the genes, and (c) along the axis of the samples. We then applied the simple linear regression method to the axes of the three-dimensional cube. We focused on the study of scatter diagrams and the search for mathematical formulas that will describe the relationship between the two variables examined each time, so as to isolate gene groups that share common expression profiles. All the above were implemented using the MATLAB® programming language. In the third part of the work, we divided the variance plots of the regressions based on the sections made in the three-dimensional cube. Our analysis manifested several interesting results, which could be considered for further research.	en
heal.advisorName	Λάμπρου, Γιώργος	el
heal.committeeMemberName	Κουτσούρης, Δ.	el
heal.committeeMemberName	Ματσόπουλος, Γ.	el
heal.committeeMemberName	Τσανάκας, Π.	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών. Τομέας Επικοινωνιών, Ηλεκτρονικής και Συστημάτων Πληροφορικής	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	143 σ.
heal.fullTextAvailability	true