Μέθοδοι Βιοπληροφορικής, Υπολογιστικής
Συστημικής Βιολογίας και Μηχανικής Μάθησης,
Εφαρμοσμένες στην In Silico Ογκολογία

Ουζούνογλου, Ελευθέριος

dc.contributor.author	Ουζούνογλου, Ελευθέριος	el
dc.date.accessioned	2018-12-28T10:30:27Z
dc.date.available	2018-12-28T10:30:27Z
dc.date.issued	2018-12-28
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/48308
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.3046
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/	*
dc.subject	In Silico Ογκολογία	el
dc.subject	Μηχανική Μάθηση	el
dc.subject	Συστημική Βιολογία	el
dc.subject	Βιοπληροφορική	el
dc.subject	Οξεία Λεμφοβλαστική Λευχαιμία	el
dc.title	Μέθοδοι Βιοπληροφορικής, Υπολογιστικής Συστημικής Βιολογίας και Μηχανικής Μάθησης, Εφαρμοσμένες στην In Silico Ογκολογία	el
dc.contributor.department	ΤΟΜΕΑΣ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΜΕΤΑΔΟΣΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΥΛΙΚΩΝ	el
heal.type	doctoralThesis
heal.classification	In Silico Ογκολογία	el
heal.classification	ΣΥΣΤΗΜΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ	el
heal.classification	ΠΡΟΧΩΡΗΜΕΝΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ ΜΑΘΗΣΗ	el
heal.classificationURI	http://data.seab.gr/concepts/0f9bfc513726558dfc739ec69e9cb11fefa6ef04
heal.classificationURI	http://data.seab.gr/concepts/d5cf140063d31fceb414be6c8dcb4654ffd3efcf
heal.language	el
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2018-06-12
heal.abstract	Στα πλαίσια της παρούσας διατριβής μελετήθηκαν οι επιστημονικοί τομείς της Βιοπληροφορικής, της Υπολογιστικής Συστημικής Βιολογίας και της Μηχανικής Μάθησης με στόχο την αξιοποίησή τους σε προβλήματα του έντονα αναπτυσσόμενου και εξελισσόμενου χώρου της In Silico Ογκολογίας. Ο χώρος αυτός θέτει ως βασικό στόχο την ανάπτυξη υπολογιστικών μοντέλων ικανών να προσομοιώσουν την ανάπτυξη αλλά και την απόκριση στη θεραπεία καρκινικών όγκων. Κομβική συμμετοχή σε αυτές τις προσπάθειες έχει η Ομάδα για την In Silico Ογκολογία και την In Silico Ιατρική του Ερευνητικού Πανεπιστημιακού Ινστιτούτου Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου (ΕΠΙΣΕΥ-ΕΜΠ) μέσω των πολυετών προσπαθειών ανάπτυξης μιας οικογένειας μοντέλων, των Ογκοπροσομοιωτών. Οι συγκεκριμένοι Ογκοπροσομοιωτές εστιάζουν κυρίως στην προσομοίωση των φαινομένων στο κυτταρικό και σε ανώτερα αυτού επίπεδα. Στην παρούσα διατριβή αναζητήθηκαν τα σημεία εκείνα όπου μέθοδοι της Βιοπληροφορικής, της Υπολογιστικής Συστημικής Βιολογίας και της Μηχανικής μάθησης μπορούν να συμβάλλουν στην εξειδίκευση των Ογκοπροσομοιωτών και στον μοριακό χώρο αλλά και στην αξιοποίησή τους για προβλεπτικές διαδικασίες σχετικά με την εξατομικευμένη απόκριση καρκινικών όγκων σε θεραπεία Προκειμένου να παρουσιαστούν οι δυνατότητες αυτές, επιλέχθηκαν συγκεκριμένες εφαρμογές και δόθηκε εστίαση στην περίπτωση της Οξείας Λεμφοβλαστικής Λευχαιμίας μέσω της χρήσης και μελέτης της επεκτασιμότητας του Ογκοπροσομοιωτή Λευχαιμίας. Συγκεκριμένα, αναπτύχθηκαν και εκπαιδεύτηκαν μέσω μεθόδων βελτιστοποίησης ένα μοντέλο Συστημικής Βιολογίας για την προσομοίωση της βιοχημικής ρύθμισης του κυτταρικού κύκλου στην Οξεία Λεμφοβλαστικής Λευχαιμίας και ένα μοντέλο προσομοίωσης της Φαρμακοκινητικής για το φάρμακο Πρεδνιζόνη, ικανά να τροφοδοτήσουν με πληροφορία τον Ογκοπροσομοιωτή. Επίσης μέσω μεθόδων Βιοπληροφορικής και Μηχανικής Μάθησης αναπτύχθηκε το Υβριδικό Σύστημα Ογκοπροσομοιωτή Λευχαιμίας, δηλαδή διαδικασίες για την αυτοματοποιημένη προσαρμογή του Ογκοπροσομοιωτή σε δεδομένα ασθενών αλλά και την πρόβλεψη της απόκρισης νέων ασθενών σε θεραπεία μέσω εκπαίδευσης επιμέρους μοντέλων μηχανικής μάθησης. Συγκεκριμένα, επιχειρήθηκε η πρόβλεψη της απόκρισης στην Πρεδνιζόνη, ασθενών με Οξεία Λεμφοβλαστική Λευχαιμίας, παιδικής ηλικίας, η οποία αποτελεί βασική πληροφορία για την διαστρωμάτωση των ασθενών σε ομάδες κινδύνου. Η πρωτότυπη προσπάθεια και η επαρκής επιτυχία πρόβλεψης μέσω του Υβριδικού Ογκοπροσομοιωτή αποτελούν σημαντικό βήμα για την περαιτέρω ανάπτυξη του χώρου της In Silico Ογκολογίας.	el
heal.sponsor	7th Framework Programme - European Commision	el
heal.advisorName	Σταφυλοπάτης, Ανδρέας-Γεώργιος	el
heal.committeeMemberName	Σταματάκος, Γεώργιος	el
heal.committeeMemberName	Κουτσούρης, Δημήτριος-Διονύσιος	el
heal.committeeMemberName	Μανωλάκος, Ηλίας	el
heal.committeeMemberName	Αλεξόπουλος, Λεωνίδας	el
heal.committeeMemberName	Μοσχόβη, Μαρία	el
heal.committeeMemberName	Παπαευαγγέλου, Βασιλική	el
heal.academicPublisher	Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	241
heal.fullTextAvailability	true