Αξιολόγηση μέτρων σημασιολογικής ομοιότητας σε βιοϊατρικές οντολογίες

Ξένος, Αλέξανδρος; Xenos, Alexandros

dc.contributor.author	Ξένος, Αλέξανδρος	el
dc.contributor.author	Xenos, Alexandros	en
dc.date.accessioned	2019-03-18T10:33:47Z
dc.date.available	2019-03-18T10:33:47Z
dc.date.issued	2019-03-18
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/48462
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.15956
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/	*
dc.subject	Βιοϊατρικές οντολογίες	el
dc.subject	Σημασιολογική ομοιότητα	el
dc.subject	Βιολογικά δίκτυα	el
dc.subject	Αλγόριθμοι ομαδοποίησης	el
dc.subject	Γονιδιακή οντολογία	el
dc.subject	Biomedical ontologies	en
dc.subject	Semantic similarities	en
dc.subject	Clustering	en
dc.subject	Gene ontology	en
dc.subject	Clustering	el
dc.title	Αξιολόγηση μέτρων σημασιολογικής ομοιότητας σε βιοϊατρικές οντολογίες	el
dc.title	Evaluation of semantic similarities measures in biomedical ontologies	en
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Βιοπληροφορική	el
heal.classification	Bioinformatics	en
heal.classificationURI	http://data.seab.gr/concepts/b50bf44af3b24e597323aa84bd26e06a0650789e
heal.classificationURI	http://data.seab.gr/concepts/b50bf44af3b24e597323aa84bd26e06a0650789e
heal.language	el
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2018-10-12
heal.abstract	Στην παρούσα διπλωματική εργασία αξιολογήθηκαν οι μετρικές σημασιολογικής ομοιότητας που χρησιμοποιούνται στις Βιοϊατρικές Οντολογίες για την λειτουργική σύγκριση γονιδίων και πρωτεϊνών. Αρχικά, περιγράφηκαν τα σημαντικότερα χαρακτηριστικά που προσδιορίζουν τους όρους μιας οντολογίας, καθώς και οι διαφορετικές τεχνικές σύγκρισής τους που βασίζονται σε αυτά τα χαρακτηριστικά. Στην συνέχεια, κατασκευάστηκαν διάφορα σενάρια για την αξιολόγηση των μετρικών, με την χρήση της Γονιδιακής Οντολογίας(Gene Ontology). Σε πρώτο επίπεδο αξιολογήθηκαν οι μετρικές ως προς ένα στιγμιότυπο της Γονιδιακής Οντολογίας του οποίου τα ζευγάρια όρων ιεραρχήθηκαν σημασιολογικά με βάση κανόνες που πηγάζουν από την τοπολογία της. Σε δεύτερο επίπεδο με χρήση αλγορίθμων Ομαδοποίησης αξιολογήθηκε η ικανότητα των μετρικών να εντοπίζουν λειτουργικές ομάδες γονιδίων σε σύνθετα βιολογικά δίκτυα. Το συμπέρασμα που προκύπτει είναι ότι την καλύτερη συμπεριφορά είχαν οι μετρικές του Resnik και το Aggregate IC. Τέλος μέτρα που δεν χρησιμοποιούν το Information Content των όρων στον υπολογισμό της σημασιολογικής ομοιότητας όπως ο Dice Coefficient και ο Jaccard Coefficient δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται σε Βιοϊατρικές Οντολογίες.	el
heal.abstract	The aim of this thesis is to evaluate the semantic similarities in Biomedical Ontologies. First of all, the most important characteristics that define the terms of an ontology are described as well as the the techniques for comparing them. Furthermore several scenarios for the evaluation of metrics were adopted using the Gene Ontology. On a first level, the metrics were evaluated against a snapshot of the Gene Ontology whose pairs of terms were ranked semantically based on rules derived from its topology. On the second level the ability of metrics to locate functional modulues in complex biological networks was evaluated using Clustering Algorithms. Taking into consideration the different approaches, Resnik and Aggregatc IC measures overcome all the other metrics. Finally, measures that do not take into account the Information Content of the terms to calculate semantic similarity, such as Dice and Jaccard Coefficient should not be used in Biomedical Ontologies.	en
heal.advisorName	Σιέττος, Κωνσταντίνος	el
heal.committeeMemberName	Κολίσης, Φραγκίσκος	el
heal.committeeMemberName	Χατζηιωάννου, Αριστοτέλης	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών. Τομέας Μηχανικής	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	80 σ.
heal.fullTextAvailability	true