Αξιολόγηση μέτρων σημασιολογικής ομοιότητας σε βιοϊατρικές οντολογίες

DSpace/Manakin Repository

Show simple item record

dc.contributor.author Ξένος, Αλέξανδρος el
dc.contributor.author Xenos, Alexandros en
dc.date.accessioned 2019-03-18T10:33:47Z
dc.date.available 2019-03-18T10:33:47Z
dc.date.issued 2019-03-18
dc.identifier.uri https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/48462
dc.identifier.uri http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.15956
dc.rights Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα *
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/ *
dc.subject Βιοϊατρικές οντολογίες el
dc.subject Σημασιολογική ομοιότητα el
dc.subject Βιολογικά δίκτυα el
dc.subject Αλγόριθμοι ομαδοποίησης el
dc.subject Γονιδιακή οντολογία el
dc.subject Biomedical ontologies en
dc.subject Semantic similarities en
dc.subject Clustering en
dc.subject Gene ontology en
dc.subject Clustering el
dc.title Αξιολόγηση μέτρων σημασιολογικής ομοιότητας σε βιοϊατρικές οντολογίες el
dc.title Evaluation of semantic similarities measures in biomedical ontologies en
heal.type bachelorThesis
heal.classification Βιοπληροφορική el
heal.classification Bioinformatics en
heal.classificationURI http://data.seab.gr/concepts/b50bf44af3b24e597323aa84bd26e06a0650789e
heal.classificationURI http://data.seab.gr/concepts/b50bf44af3b24e597323aa84bd26e06a0650789e
heal.language el
heal.access free
heal.recordProvider ntua el
heal.publicationDate 2018-10-12
heal.abstract Στην παρούσα διπλωματική εργασία αξιολογήθηκαν οι μετρικές σημασιολογικής ομοιότητας που χρησιμοποιούνται στις Βιοϊατρικές Οντολογίες για την λειτουργική σύγκριση γονιδίων και πρωτεϊνών. Αρχικά, περιγράφηκαν τα σημαντικότερα χαρακτηριστικά που προσδιορίζουν τους όρους μιας οντολογίας, καθώς και οι διαφορετικές τεχνικές σύγκρισής τους που βασίζονται σε αυτά τα χαρακτηριστικά. Στην συνέχεια, κατασκευάστηκαν διάφορα σενάρια για την αξιολόγηση των μετρικών, με την χρήση της Γονιδιακής Οντολογίας(Gene Ontology). Σε πρώτο επίπεδο αξιολογήθηκαν οι μετρικές ως προς ένα στιγμιότυπο της Γονιδιακής Οντολογίας του οποίου τα ζευγάρια όρων ιεραρχήθηκαν σημασιολογικά με βάση κανόνες που πηγάζουν από την τοπολογία της. Σε δεύτερο επίπεδο με χρήση αλγορίθμων Ομαδοποίησης αξιολογήθηκε η ικανότητα των μετρικών να εντοπίζουν λειτουργικές ομάδες γονιδίων σε σύνθετα βιολογικά δίκτυα. Το συμπέρασμα που προκύπτει είναι ότι την καλύτερη συμπεριφορά είχαν οι μετρικές του Resnik και το Aggregate IC. Τέλος μέτρα που δεν χρησιμοποιούν το Information Content των όρων στον υπολογισμό της σημασιολογικής ομοιότητας όπως ο Dice Coefficient και ο Jaccard Coefficient δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται σε Βιοϊατρικές Οντολογίες. el
heal.abstract The aim of this thesis is to evaluate the semantic similarities in Biomedical Ontologies. First of all, the most important characteristics that define the terms of an ontology are described as well as the the techniques for comparing them. Furthermore several scenarios for the evaluation of metrics were adopted using the Gene Ontology. On a first level, the metrics were evaluated against a snapshot of the Gene Ontology whose pairs of terms were ranked semantically based on rules derived from its topology. On the second level the ability of metrics to locate functional modulues in complex biological networks was evaluated using Clustering Algorithms. Taking into consideration the different approaches, Resnik and Aggregatc IC measures overcome all the other metrics. Finally, measures that do not take into account the Information Content of the terms to calculate semantic similarity, such as Dice and Jaccard Coefficient should not be used in Biomedical Ontologies. en
heal.advisorName Σιέττος, Κωνσταντίνος el
heal.committeeMemberName Κολίσης, Φραγκίσκος el
heal.committeeMemberName Χατζηιωάννου, Αριστοτέλης el
heal.academicPublisher Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών. Τομέας Μηχανικής el
heal.academicPublisherID ntua
heal.numberOfPages 80 σ.
heal.fullTextAvailability true

Files in this item

The following license files are associated with this item:

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα Except where otherwise noted, this item's license is described as Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα