Application of computational methods for discovering the pathological mechanisms of osteoarthritis disease

Δημητρακοπούλου, Σμαράγδα; Dimitrakopoulou, Smaragda

dc.contributor.author	Δημητρακοπούλου, Σμαράγδα	el
dc.contributor.author	Dimitrakopoulou, Smaragda	en
dc.date.accessioned	2019-07-11T08:32:53Z
dc.date.available	2019-07-11T08:32:53Z
dc.date.issued	2019-07-11
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/49038
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.16542
dc.rights	Default License
dc.subject	Osteoarthritis	en
dc.subject	Υπολογιστική βιολογία	el
dc.subject	Γονιδιακή ανάλυση	el
dc.subject	Οστεοαρθρίτιδα	el
dc.subject	Βιολογικά μονοπάτια	el
dc.subject	Συνεκφραζόμενα γονίδια	el
dc.subject	WGCNA	en
dc.subject	Pathways	en
dc.subject	Computational biology	en
dc.subject	Gene expression	en
dc.title	Application of computational methods for discovering the pathological mechanisms of osteoarthritis disease	en
dc.title	Εφαρμογή υπολογιστικών μεθόδων για την ανακάλυψη μηχανισμών παθογένειας στην οστεοαρθρίτιδα	el
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Υπολογιστική βιολογία	el
heal.language	en
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2019-02-14
heal.abstract	Η οστεοαρθρίτιδα είναι μία από τις πιο συνήθεις ασθένειες των αρθρώσεων και μία από τις πιο σημαντικές αιτίες εμφάνισης αναπηρίας στη μέση ηλικία. Έχει πλέον αναγνωριστεί ως ασθένεια όλης της άρθρωσης και περιλαμβάνει αλλαγές στο χόνδρο, στην αρθρική μεμβράνη, στη κνήμη και στο μηνίσκο. Μέχρι σήμερα, δεν έχει βρεθεί φάρμακο κατά της οστεοαρθρίτιδας καθώς οι έρευνες επικεντρώνονται στην παθογένεια μόνο ενός από τους 4 ιστούς/οστά. Συνεπώς, σε αυτή τη διπλωματική εργασία η ενσωμάτωση δεδομένων από όλους τους εμπλεκόμενους στην οστεοαρθρίτιδα ιστούς/οστά πραγματοποιείται προκειμένου να κατανοηθούν πληρέστερα οι μηχανισμοί παθογένειας της ασθένειας. Σε αυτή τη διπλωματική εργασία πραγματοποιήθηκε γονιδιακή ανάλυση και ανάλυση συνεκφραζόμενων γονιδίων, χρησιμοποιώντας δεδομένα από τέσσερα πειράματα, ένα για κάθε ιστό/οστό. Μέσω της ανάλυσης δικτύων συνεκφραζόμενων γονιδίων βρέθηκαν σύνολα που περιλάμβαναν συσχετιζόμενα σε όλα τα δείγματα γονίδια. Τα αλλήλοσυσχετιζόμενα σύνολα ενώθηκαν δημιουργώντας μετα-σύνολα. Τα γονίδια του κάθε μετα-συνόλου χρησιμοποιήθηκαν για την εύρεση σημαντικών βιολογικών μονοπατιών μέσω της αντίστοιχης ανάλυσης. Τέλος, υποψήφια φάρμακα κατά της οστεοαρθρίτιδας αξιολογήθηκαν. Η ανάλυση βιολογικών μονοπατιών υπογράμμισε τη συσχέτιση των μετα-συνόλων με συγκεκριμένες βιολογικές λειτουργίες. Βιολογικά μονοπάτια που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό σύστημα και την εξωκυτάρρια μήτρα αποδείχθηκαν σημαντικά και στους 4 ιστούς/ οστά. Επίσης βρέθηκαν σηματοδοτικά βιολογικά μονοπάτια, γνωστά για το ρόλο τους στην οστεοαρθρίτιδα. 11 φάρμακα αξιολογήθηκαν σύμφωνα με το αν περιλαμβάνονταν οι βασικοί στόχοι τους σε κάποιο μετα-σύνολο. 3 από τα 11, τα Sorafenib, Raloxifene και PD169316 ικανοποιούσαν αυτό το κριτήριο. Μία αρχική ανεξάρτητη πειραματική έρευνα αξιολόγησε 9 φάρμακα και βρήκε τα Sorafenib και PD169316 ως πιο ελπιδοφόρα φάρμακα κατά της οστεοαρθρίτιδας.	el
heal.advisorName	Αλεξόπουλος, Λεωνίδας	el
heal.committeeMemberName	Αλεξόπουλος, Λεωνίδας	el
heal.committeeMemberName	Κυριακόπουλος, Κωσταντίνος	el
heal.committeeMemberName	Προβατίδης, Χριστόφορος	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών. Τομέας Μηχανολογικών Κατασκευών και Αυτομάτου Ελέγχου	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	82 σ.
heal.fullTextAvailability	true