A new software platform for peptide and protein mass spectra interpretation

Κουβαράκη Χατζηλάμπου, Μαρία; Kouvaraki Chatzilampou, Maria

dc.contributor.author	Κουβαράκη Χατζηλάμπου, Μαρία	el
dc.contributor.author	Kouvaraki Chatzilampou, Maria	en
dc.date.accessioned	2020-12-02T09:38:39Z
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/52160
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.19858
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού - Μη Εμπορική Χρήση - Παρόμοια Διανομή 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού - Παρόμοια Διανομή 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/gr/	*
dc.subject	Mass spectra	en
dc.subject	Computer software	en
dc.subject	Λογισμικό	el
dc.subject	Data analysis	en
dc.subject	Ανάλυση δεδομένων	el
dc.subject	Top Down Mass Spectrometry	en
dc.subject	Φάσμα μαζών	el
dc.subject	Data processing	en
dc.subject	Επεξεργασία δεδομένων	el
dc.subject	Peptide identification	en
dc.subject	Αναγνώριση πεπτιδίων	el
dc.title	A new software platform for peptide and protein mass spectra interpretation	en
dc.title	Μια νέα πλατφόρμα λογισμικού για ερμηνεία φάσματος μάζας πεπτιδίων και πρωτεϊνών	el
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Mass spectrometry	en
heal.classification	Φασματομετρία μάζας	el
heal.classification	Bioinformatics	en
heal.classification	Βιοπληροφορική	el
heal.dateAvailable	2021-12-01T22:00:00Z
heal.language	en
heal.access	embargo
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2020-02-18
heal.abstract	Η Πρωτεϊνωματική είναι μια εύρωστη και απαραίτητη τεχνολογία στη μοριακή κυτταρική βιολογία. Εφαρμόζεται για τον εντοπισμό των συστατικών των μικρών πρωτεϊνικών σύμπλοκων και των μεγάλων οργανιδίων και για τον προσδιορισμό των μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων. Παραδοσιακά, η Πρωτεϊνωματική με βάση τη φασματομετρία μάζας πραγματοποιείται χρησιμοποιώντας την προσέγγιση bottom-up, η οποία περιλαμβάνει την πρωτεολυτική πέψη πρωτεϊνών πριν από την φασματομετρική ανάλυση. Αντιθέτως, η top-down πρωτεϊνωματική είναι ικανή να αναγνωρίζει και να ποσοτικοποιεί τα μοναδικά πρωτεόμορφα, πληροφορίες δηλαδή που χάνονται με την πέψη πρωτεϊνών κατά την προσέγγιση bottom-up. Σε αυτή τη μέθοδο, άθικτα ιόντα πρωτεΐνης ή θραύσματα μεγάλων πρωτεϊνών υποβάλλονται σε θραυσματοποίηση στην αέρια φάση για φασματομετρική ανάλυση. Ωστόσο, η προσέγγιση top-down δεν είναι τόσο καλά εδραιωμένη ως η bottom-up λόγω της πολυπλοκότητας του δείγματος και έτσι άνοιξε νέες προκλήσεις στον τομέα. Αυτά τα γεγονότα δικαιολογούν την ανάπτυξη του "Peak Finder Software", ενός φιλικού προς το χρήστη, ολοκληρωμένου και εν χρήσει λογισμικού ανάλυσης δεδομένων, το οποίο διευκολύνει την ταυτοποίηση προϊόντων θραυσματοποίησης πρωτεϊνών, οδηγώντας έτσι στη δομική διαλεύκανση και τον εντοπισμό οδών θραυσματοποίησης πρωτεΐνης.	el
heal.abstract	Proteomics is a robust and indispensable technology in molecular cell biology. It is applied to identify the components of small protein complexes and large organelles and to determine post-translational modifications. Traditionally, mass-spectrometry-based proteomics has been performed using the bottom-up approach, which involves the proteolytic digestion of proteins before MS analysis. In contrast, top-down proteomics is capable of identifying and quantitating unique proteoforms, information that is lost with protein digestion during the bottom-up approach. In this method, intact protein ions or large protein fragments are subjected to gas-phase fragmentation for MS analysis. However, the top-down approach is not as well-established as the bottom-up due to the sample complexity and thus has opened up new challenges in the field. These facts justify the development of “Peak Finder Software”, a user-friendly, integrated and in-use data analysis software, which expedites the identification of protein fragmentation products, leading this way in the structural elucidation and the identification of fragmentation pathways of a protein.	en
heal.advisorName	Αλεξόπουλος, Λεωνίδας	el
heal.committeeMemberName	Αλεξόπουλος, Λεωνίδας	el
heal.committeeMemberName	Προβατίδης, Χριστόφορος	el
heal.committeeMemberName	Κυριακόπουλος, Κωνσταντίνος	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών. Τομέας Μηχανολογικών Κατασκευών και Αυτομάτου Ελέγχου	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	92 σ.	el
heal.fullTextAvailability	false