Αξιολόγηση της σταθερότητας συμπλόκων του ογκογονιδίου c-Myc και πιθανών αναστολέων μέσω προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής

Πυλαρινού, Κλεονίκη; Pylarinou, Kleoniki

dc.contributor.author	Πυλαρινού, Κλεονίκη	el
dc.contributor.author	Pylarinou, Kleoniki	en
dc.date.accessioned	2023-02-08T11:37:35Z
dc.date.available	2023-02-08T11:37:35Z
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/57107
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.24805
dc.rights	Default License
dc.subject	Μοριακή Δυναμική	el
dc.subject	Ογκοπρωτεΐνη	el
dc.subject	Μοριακές προσομοιώσιες	el
dc.subject	Σχεδιασμός φαρμάκων	el
dc.subject	Αναστολή διμερισμού	el
dc.subject	Molecular dynamics	en
dc.subject	Molecular simulations	en
dc.subject	Oncoprotein	en
dc.subject	c-Myc	en
dc.subject	Drug design	en
dc.title	Αξιολόγηση της σταθερότητας συμπλόκων του ογκογονιδίου c-Myc και πιθανών αναστολέων μέσω προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής	el
dc.title	Investigating the structure and dynamics of Myc inhibitors of the oncoprotein Myc	en
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Μοριακές Προσομοιώσεις	el
heal.language	el
heal.access	free
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2022-10-06
heal.abstract	Η πρωτεΐνη c-Myc είναι ένας μεταγραφικός παράγοντας που συμμετέχει στη ρύθμιση της μεταγραφής γονιδίων που συμμετέχουν στον μεταβολισμό, την ανάπτυξη, την διαίρεση, τον πολλαπλασιασμό και την απόπτωση των κυττάρων. Η απορρύθμιση της έκφρασης της c-Myc έχει συσχετιστεί με περισσότερο από το 30% όλων των μορφών ανθρώπινου καρκίνου και η αναστολή της αποτελεί υποσχόμενη στρατηγική για την ανάπτυξη αντικαρκινικών θεραπευτικών προσεγγίσεων. Η c-Myc αποτελεί μέλος της οικογένειας των εγγενώς αδιάτακτων πρωτεϊνών, καθώς χαρακτηρίζεται από έλλειψη σταθερής δευτεροταγής και τριτοταγής δομής στην αδέσμευτή της μορφή και καθίσταται λειτουργική εφόσον σχηματίσει ετεροδιμερές με την πρωτεΐνη Max. Επομένως, ένας πιθανός τρόπος παρεμποδισμού της λειτουργίας της είναι η αναστολή του πρωτεϊνικό συμπλόκου c-Myc και Max. Η αναστολή αυτή μπορεί να επιτευχθεί με την σύνδεση μικρών μορίων στην ελεύθερη μορφή της c-Myc. Καθώς η αδέσμευτη μορφή της c-Myc δεν εμφανίζει δευτεροταγή δομικά στοιχεία δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν κλασσικές τεχνικές σχεδιασμού αναστολέων με βάση τη δομή της πρωτεΐνης. Σε αυτήν την εργασία, προτείνουμε να αξιολογηθούν σύμπλοκα μίας λειτουργικής περιοχής του ογκογονιδίου c-Myc (Myc402-412) με γνωστούς αναστολείς της πρωτεΐνης μέσω προσομοιώσεων Μοριακής Δυναμικής, ώστε να εξεταστεί η σταθερότητά τους στο χρόνο και στο χώρο. H υπόθεση εργασίας είναι ότι εάν ένα μικρό μόριο προσδένεται σταθερά στον χρόνο στη c-Myc, τότε θα αναστέλλει τον ετεροδιμερισμό της c-Myc με την Max και συνεπώς θα αναστέλλεται η μεταγραφική δράση της c-Myc. Στη συγκεκριμένη εργασία θα μελετήσουμε τον αριθμό των μικρά μόρια που θα παραμείνουν σταθερά προσδεμένα στη c-Myc, ώστε να κατανοήσουμε εάν η συγκεκριμένη μέθοδος έχει προβλεπτική ικανότητα να διαχωρίζει δραστικούς από μη δραστικούς αναστολείς. Τα υπό μελέτη μόρια αξιολογήθηκαν επίσης ως προς τις φυσικοχημικές τους ιδιότητες και τις διαμοριακές αλληλεπιδράσεις που σχηματίζουν με την αλληλουχία c-Myc402-412, ώστε να αξιολογηθεί ο πιθανός μηχανισμός πρόσδεσής τους στη c-Myc. Μέσω της παρούσας μελέτης, έγινε πρόβλεψη της πρόσδεσης δύο εκ των τριών αληθώς θετικών προσδετών. Επιπλέον, επιβεβαιώθηκε η αδυναμία πρόσδεσης των δύο αληθώς αρνητικών δειγμάτων. Τέλος, διερευνήθηκε η ικανότητα πρόσδεσης αναστολέων της πρωτεΐνης, για τους όποιους δεν έχουμε γνώση της περιοχής πρόσδεσης τους.	el
heal.advisorName	Δέτση, Αναστασία	el
heal.committeeMemberName	Τόπακας, Ευάγγελος	el
heal.committeeMemberName	Ζαννίκος, Φανούριος	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Χημικών Μηχανικών. Τομέας Χημικών Επιστημών (I). Εργαστήριο Οργανικής Χημείας	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	75 σ.	el
heal.fullTextAvailability	false