Διερεύνηση του μετα-αντιγραφικού στρες και της επαγόμενης αποσιώπησης ή υπερέκφρασης τελομερικών μεταγράφων TERRA στη νεοπλασία

Μπολάκης, Γεώργιος Νικόλαος; Bolakis, George Nikolaos

dc.contributor.author	Μπολάκης, Γεώργιος Νικόλαος	el
dc.contributor.author	Bolakis, George Nikolaos	en
dc.date.accessioned	2024-02-07T08:30:12Z
dc.identifier.uri	https://dspace.lib.ntua.gr/xmlui/handle/123456789/58793
dc.identifier.uri	http://dx.doi.org/10.26240/heal.ntua.26489
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ελλάδα	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/gr/	*
dc.subject	Τελομερή	el
dc.subject	Καρκίνος	el
dc.subject	Τελομεράση	el
dc.subject	Εναλλακτικός Μηχανισμός Επιμήκυνσης	el
dc.subject	Μετάγραφα Τελομερών	el
dc.subject	Telomeres	en
dc.subject	Cancer	en
dc.subject	ALT	en
dc.subject	TERRA	en
dc.subject	Telomerase	en
dc.title	Διερεύνηση του μετα-αντιγραφικού στρες και της επαγόμενης αποσιώπησης ή υπερέκφρασης τελομερικών μεταγράφων TERRA στη νεοπλασία	el
heal.type	bachelorThesis
heal.classification	Βιοιατρική έρευνα	el
heal.classification	Biomedical research	en
heal.dateAvailable	2025-02-06T22:00:00Z
heal.language	el
heal.access	embargo
heal.recordProvider	ntua	el
heal.publicationDate	2023-09-27
heal.abstract	Τα τελομερή, που αποτελούνται από επαναλήψεις βάσεων DNA (TTAGGG)n, προστατεύουν τα άκρα των χρωμοσωμάτων και λειτουργούν παράλληλα ως βιολογικό ρολόι για τα κύτταρα. Καθώς προχωρούν οι κυτταρικοί κύκλοι, τα τελομερή μειώνονται, οδηγώντας τελικά τα κύτταρα στη γήρανση. Τα τελομερικά μετάγραφα, γνωστά ως TERRA, παίζουν σημαντικό ρόλο μέσα στα κύτταρα. Η κατανόηση της βιολογίας των τελομερών είναι καθοριστικής σημασίας στην έρευνα για τον καρκίνο, καθώς οι διάφοροι τύποι καρκίνου χρησιμοποιούν διαφορετικές οδούς για την επιμήκυνση των τελομερών τους. Η πλειονότητα χρησιμοποιεί την τελομεράση, ενώ ένα μικρό ποσοστό χρησιμοποιεί την εναλλακτική οδό επιμήκυνσης των τελομερών (ALT). Η παρούσα διατριβή διερευνά τις ρυθμιστικές λειτουργίες των μορίων RNA, TERRA σε όλο το γονιδίωμα, χρησιμοποιώντας εργαλεία βιοπληροφορικής. Ειδικότερα, η ογκοκατασταλτική πρωτεΐνη BRCA1 εξετάστηκε διεξοδικά για πιθανές ρυθμιστικές περιοχές με τη μεσολάβηση TERRA. Επιπλέον, μια ανάλυση blast των αλληλουχιών που ακολουθούν την επανάληψη 29 βάσεων, καθοριστική για την έναρξη της μεταγραφής TERRA, αποκάλυψε την παρουσία της σε διάφορες γονιδιωματικές περιοχές. Η μελέτη εμβαθύνει στην αλληλεπίδραση μεταξύ των TERRA και των πρωτεϊνών RAD51 και RAD52 στην περιοχή των τελομερών. Η κατανόηση αυτών των αλληλεπιδράσεων είναι ζωτικής σημασίας για την επαγόμενη από διακοπή αντιγραφή (Break-Induced Replication, BIR), έναν μηχανισμό επιδιόρθωσης του DNA. Επιπλέον, κατά την εξέταση του μονοπατιού του ALT αξιολογήθηκε εάν οι κυτταρικές σειρές ALT παρουσιάζουν περισσότερα overhangs και fragile telomeres σε σύγκριση με τις αντίστοιχες σειρές που είναι θετικές στην τελομεράση, χρησιμοποιώντας την τεχνική PNA FISH. Εκτός από τα συνήθη χαρακτηριστικά ALT (π.χ. c-circles, T-SCEs, ποικίλο μήκος τελομερών, PML σώματα), τα overhangs και τα fragile telomeres αναδεικνύονται ως ένα ακόμα σημαντικό χαρακτηριστικό. Οι επιδράσεις μετά την αντιγραφή σε καρκινικές κυτταρικές σειρές διερευνήθηκαν με τη χρήση PNA-FISH, αποκαλύπτοντας ότι η αφιδικολίνη ενισχύει την ευθραυστότητα των τελομερών τόσο σε ALT όσο και σε θετικές για τελομερή κυτταρικές σειρές. Επιπλέον, η παρούσα μελέτη ασχολείται με την αναστολή του ομόλογου ανασυνδυασμού με την Mirin, διευκρινίζοντας την επίδρασή της στους φαινότυπους των overhangs σε κύτταρα U2OS μέσω PNA-FISH. Πέραν τούτου, υπό τις ίδιες συνθήκες, η αναστολή του ομόλογου ανασυνδυασμού μετέβαλε τα επίπεδα T-SCE, χαρακτηριστικό γνώρισμα του ALT, όπως αξιολογήθηκε σε κύτταρα U2OS με τη χρήση CO-FISH.	el
heal.abstract	Telomeres, comprising tandem DNA repeats (TTAGGG)n, safeguard chromosome ends and serve as a biological clock for cells. As mitotic cycles progress, telomeres shorten, eventually leading cells to senescence. Telomeric transcripts, known as TERRA, play pivotal roles within cells. Understanding telomeric biology is critical in cancer research, as different cancer types employ distinct strategies to elongate telomeres. The majority utilize telomerase, while a subset employs the Alternative Lengthening of Telomeres (ALT) pathway. This thesis investigates the regulatory functions of TERRA RNA molecules across the genome, employing bioinformatics tools. Notably, the tumor suppressor protein BRCA1 was scrutinized for potential TERRA-mediated regulatory domains. Additionally, a blast analysis of sequences following the 29 bp repeat, crucial for TERRA transcription initiation, revealed its presence in diverse genomic regions. The study delves into the interplay between TERRA, and the proteins RAD51 and RAD52 within telomeres. Understanding these interactions is crucial for Break-Induced Replication (BIR), a DNA repair mechanism. Moreover, ALT pathway examination assessed if ALT cell lines exhibit greater overhangs and fragile telomeres compared to telomerase-positive counterparts, employing PNA FISH technique. Beyond conventional ALT features (e.g., c-circles, T-SCEs, variable telomere lengths, PML bodies), overhangs and fragile telomeres emerge as significant characteristics. Post-replicative stress effects in cancer cell lines were explored using PNA-FISH, revealing that aphidicolin amplifies telomere fragility in both ALT and telomerase-positive cell lines. Furthermore, this study addresses the blockade of homologous recombination with Mirin, elucidating its impact on overhang phenotypes in U2OS cells through PNA-FISH. Additionally, under the same conditions, homologous recombination inhibition altered T-SCE levels, a hallmark of ALT, as evaluated in U2OS cells using CO-FISH.	en
heal.advisorName	Γκάγκος, Σαράντης	el
heal.committeeMemberName	Μαμμά, Διομή	el
heal.committeeMemberName	Ζουμπουλάκης, Λουκάς	el
heal.academicPublisher	Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Σχολή Χημικών Μηχανικών. Τομέας Σύνθεσης και Ανάπτυξης Βιομηχανικών Διαδικασιών (IV)	el
heal.academicPublisherID	ntua
heal.numberOfPages	92 σ.	el
heal.fullTextAvailability	false