Αξιολόγηση μεθόδων κατηγοριοποίησης δεδομένων γονιδιακής έκφρασης cDNA μικροσυστοιχιών

Abstract

Στην παρούσα διπλωματική εργασία γίνεται αναφορά σε διαφορετικές μεθοδολογίες κατηγοριοποίησης δεδομένων γονιδιακής έκφρασης με τη χρήση cDNA μικροσυστοιχιών (microarrays). Η τεχνολογία μικροσυστοιχιών επιτρέπει τη μέτρηση των επιπέδων έκφρασης χιλιάδων γονιδίων μόνο σε ένα πείραμα, δημιουργώντας έτσι μια αφθονία δεδομένων.Τα δεδομένα προκύπτουν από έρευνες που πραγματοποιήθηκαν σε διαφορετικά ερευνητικά κέτρα και αφορούν σε δείγματα από τρία είδη καρκινικών όκγων. Αρχικά, στην εισαγωγή της εργασίας, περιγράφεται όλο το σχετικό βιολογικό υπόβαθρο, και ακολουθεί εκτενής αναφορά στις τεχνικές με βάση τον προσδιορισμό αλληλουχίας για την παρακολούθηση των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης, καθώς και στις διαφορετικές τεχνολογίες μικροσυστοιχιών. τη συνέχεια, γίνεται αναλυτική ταξινόμηση του καρκίνου του μαστού, έρευνες που αναφέρονται στον προσδιορισμό γονιδίων ανιχνευτών, καθώς και στη χρήση τεχνολογιών και διαφόρων αλγορίθμων. Απώτερος στόχος είναι η βελτίωση του τρόπου θεραπευτικής αντιμετώπισης των συγκεκριμένων καρκινικών τύπων, μέσω της ανακάλυψης νέων υποκατηφοριών και της καλύτερης ταξινόμησης των υπάρχοντων ειδών καρκίνου.

This paper refers to different methods of gene expression data classification using cDNA microarrays. The microarray technology allows measuring the expression levels of thousands of genes in a single experiment, thus creating an abundance of data. The data is obtained from surveys conducted in different research centers on samples from three types of cancerous tumors. More specifically, the introduction encompasses all the biological background necessary, followed by a comprehensive reference to different microarray technologies. Subsequently, there is a detailed classification of breast cancer, leukemia and lung cancer. Also presented is, for each category of cancer, research indicative of gene probes identification, as well as of the use of various technologies and algorithms. The ultimate goal is to improve the way of treating certain types of cancer through the discovery of new subtypes and the refinement of the classification of existing types of cancer.