Experimental Design of high-throughput Proteomic Experiments

Abstract

Η μελέτη δικτύων πρωτείνων και η εξακρίβωση των μονοπατιών μετάδοσης σήματος, αποτελεί τον ακρωγωνιαίο λίθο στην διαλεύκανση των κυτταρικών λειτουργιών και την κατανόηση της λειτουργείας των έμβιων οργανισμών. Την τελευταία πενταετία, κυτταρικά δίκτυα μετάδοσης σήματος, στα οποία οι αντιδράσεις μεταξύ των πρωτεινών προέρχονται από βιβλιογραφικά δεδομένα, έχουν βελτιστοποιηθεί με τη χρήση φωσφοπρωτεινικών δεδομένων, για την δημιουργία εξειδικευμέννων δικτύων για συγκεκριμμένους κυτταρικούς τύπους. Στόχος της παρούσας διπλωματικής εργασίας είναι η δημιουργία ενός αλγορίθμου που θα παράγει τη βέλτιστη δομή ενός φωσφοπρωτεινικού πειράματος, έτσι ώστε να βελτιώνει την ακρίβεια της μετέπειτα βελτιστοποίησης και ταυτόχρονα να κάνει χρήση όσο το δυνατόν λιγότερων δεδομένων. Προς το πάρον αλγόριθμος, που να εστιάζει στη δομή του πειράματος, δεν υπάρχει καταχωρημένος στη βιβλιογραφία.

A new methodology using network flows theory is proposed, in order to design the optimal experimental setup for high-throughput proteomic experiments. An experimental setup consists of many experiments. An experiment is composed of stimuli, signals and inhibitors. The target of the the optimization is twofold: a) select data,which will facilitate and increase the accuracy of the post-experimental optimization, b) use the least amount of data possible